Jalan tol Yogya - Bawen terdiri dari 6 seksi yaitu Seksi 1 Sleman - Banyurejo (8,25 km), Seksi 2 Banyurejo-Borobudur (15,26 km), Seksi 3 Borobudur-Magelang (8,08 km), Seksi 4 Magelang-Temanggung (16,26 km), Seksi 5 Temanggung-Ambarawa (22,56 km), Seksi 6 Ambarawa-Junction Bawen terkoneksi Tol Semarang-Solo (5,21 km).
Dalam pembangunan jalan, tentu ada beberapa desa yang terdampak. Berikut daftar desa terdampak pembangunan tol Jogja Bawen:
Kabupaten Temanggung
- Desa Kebumen
- Desa Pingit
Kota Magelang
- Desa Rejowinangun Utara
- Desa Tidar Utara
Kabupaten Semarang