Mohabbatein bercerita mengenai Narayan, seorang kepala sekolah di kampus ternama se India bernama Gurukul yang mendidik anak muridnya dengan nilai kedisplinan, tradisi, dan harkat yang tinggi.
Supaya dapat membentuk pribadi murid tersebut, Narayan melakukan banyak cara termasuk melarang anak didiknya untuk menjalin cinta dengan lawan jenis.
Meski ditentang oleh berbagai pihak, nyatanya metode Narayan berhasil membawa Gurukul menjadi sekolah tersukses di India selama 25 tahun kepemimpinannya sebagai kepala sekolah.
Suatu hari, tiga murid Gurukul bernama Sameer, Vicky, dan Karan melanggar aturan tersebut. Sameer jatuh cinta dengan Sanjana, Vicky dengan Ishika, dan Karan jatuh cinta dengan wanita desa bernama Kiran.
Tidak butuh waktu lama bagi Narayan untuk mengendus tindakan ketiga muridnya tersebut. Rupanya, Sameer, Vicky, dan Karan mendapat motivasi dari Raj, seorang guru musik baru yang bekerja di Gurukul.
Hal tersebut membuat keributan baru, mengingat ada rahasia masa lalu yang terjadi antara Narayan, Raj, dan aturan tidak boleh menjalin cinta yang ada di Gurukul.