Mundur ke timeline pada karirnya, tahun 2000 silam dirinya mulai karir sepakbola profesional sebagai striker di klub Vitesse U-19 di Belanda.
Tahun 2002 ia promosi ke tim senior Vitesse yang bermain di Liga Belanda atau Eredivisie. Kala itu Jhonny van Beukering muda bermain sebanyak 26 laga dan mencatat 3 gol untuk Vitesse.
Dua tahun berselang ia pindah klub dan bermain di bawah De Graafschap Doetinchem, dari sinilah karirnya mulai melesat naik. Pernah tercatat harga pasar untuknya bermain mencapai angka Rp 20,86 miliar saat itu.
Selama di Belanda, Jhonny van Beukering membela beberapa tim kecil seperti FC Persikhaaf, MASV, hingga AFC Arnhem, SP Silvode.
Kemudian datang tahun 2012 saat PSSI era Djohar Arifin menaturalisasi Jhonny van Beukering masuk sebagai skuad Piala AFF 2012. Saat itu namanya sempat tenar namun cepat juga meredup.
Selama berseragam Timnas Indonesia, Jhonny van Beukering hanya dua kali tampil untuk skuad Garuda. Bahkan selepasnya dari skuad dan diangkut Pelita Jaya, ia tidak sempat diturunkan ke lapangan.
Pada 2019 saat usainya menginjak 36 tahun ia memutuskan untuk gantung sepatu sebagai pemain sepak bola.