Dirinya juga diketahui merupakan salah satu pendiri Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS) pada tahun 1998 lalu.
Lembaga KontraS diketahui bergerak di bidang HAM Indonesia, terutama untuk kasus penghilangan paksa maupun berbagai pelanggaran HAM yang terjadi.
Sebagai seorang aktivis HAM, Munir Said Thalib kerap ikut menangani kasus penghilangan maupun penculikan aktivis HAM tahun 1997 hingga 1998 lalu.
Selain itu kasus besar lainnya yang turut ditangani oleh Munir adalah:
- Tragedi Semanggi (1998)
- Operasi Jaring Merah (1990 - 1998)
- Operasi Terpadu (2003-2004)
Namun Munir harus kehilangan nyawanya saat sedang dalam perjalanan menuju Amsterdam, Belanda.