Pasalnya, Munir yang saat itu koordinator KontraS sangat vokal kritik pemerintah dan mampu mengungkap pelaku penculikan 13 aktivis reformasi 1997-1998 adalah anggota Kopassus yang dikenal sebagai Tim Operasi Mawar.
Melihat sepak terjang Munir membuat Muchdi Purwopranjono yang saat itu sebagai Panglima Jenderal Kopassus tidak senang.
terlebih Muchdi Pr diberhentikan dari jabatan Danjen Kopassus yang hanya menjabat selama 52 hari.
Lalu, saat Muchdi Pr diangkat Kepala Bin Deputi V pada 27 Maret 2003 ia merencanakan pembunuhan terhadap Munir.
Muchdi menghubungi jaringan non organik BIN, Pollycarpus Budihari Priyanto, pilot PT Garuda Indonesia Airways sebagai kaki tangannya.
Pasalnya, saat itu Munir akan pergi ke Amsterdam untuk melanjutkan pendidikan menggunakan penerbangan Garuda Indonesia GA-974 tanggal 7 September 2004.
Pollycarpus kemudian diatur oleh Muchdi Pr menjadi staf keamanan penerbangan agar ia dapat mengambil penerbangan Garuda Indonesia GA-974.
Budi Santoso, saksi dari pembunuhan Munir dijelaskan oleh Bjorka ikut membantu menulis surat pengajuan pindah posisi Pollycarpus ke bagian keamanan.