- Kelurahan Rejowinangun Utara, Magelang Tengah, Magelang
- Palbapang, Mungkid, Magelang
- Kelurahan Banyurejo, Tempel, Sleman
- Daerah Jombor, Kecamatan Mlati, Sleman
Demikian daftar desa terdampak Tol Jogja - Bawen mana saja, daftar lengkap dengan lokasi rencana exit tol terbaru.***