Ketika itu, Said Aqil menjabat sebagai wakil katib 'aam NU menemani Gus Dur yang saat itu belum maju menjadi Presiden RI menggantikan BJ Habibie.
Saat Gus Dur jadi presiden, Said Aqil kemudian tidak lagi di PBNU. Ia kemudian naik menjadi anggota MPR Fraksi Utusan Golongan NU sampai tahun 2004.
Selama itulah, karir politik Said Aqil mulai ditempa. Bahkan, ketika Gus Dur lengser, Said Aqil masih bertengger di MPR hingga akhirnya SBY menjadi Presiden RI.
Selain menjadi Ketua Umum PBNU, Said Aqil juga tercatat aktif di organisasi lainnya dan mayoritas ia berposisi sebagai pucuk pimpinan alias ketua.
Berikut daftar organisasi yang aktif diikuti oleh Said Aqil Siradj:
1. Ketua Forum Komunikasi Kesatuan Bangsa (FKKB) - 1998 s/d sekarang,
2. Ketua Umum Lembaga Persahabatan Ormas Keagamaan (LPOK) - 2020 s/d sekarang,
3. Ketua Lembaga Persahabatan Ormas Islam (LPOI) - 2011 s/d sekarang,