- Desa Sidomukti,
- Desa Pekuwon,
- Desa Meles,
- Desa Banyurata
Kecamatan Karanganyar
- Desa Sidomulyo,
- Desa Grenggeng,
- Desa Panjatan
Kecamatan Sruweng
- Desa Purwodeso,
- Desa Karanggedang,
- Desa Sidoharjo,
- Desa Menganti,
- Desa Trikarso
Kecamatan Klirong
- Desa Banjarwinangun,
- Desa Dorowati,
- Desa Gadungrejo,
- Desa Tambakagung,
- Desa Sitirejo,
- Desa Karangglonggong,
- Desa Wotbuwono
Kecamatan Buluspesantren
- Desa Tanjungsari,
- Desa Sidomoro,
- Desa Klapasawit,
- Desa Jogopaten
Kecamatan Kebumen
- Desa Adikarso,
- Desa Murtirejo,
- Desa Mengkowo,
- Desa Kalibagor
Kecamatan Kutowinangun
- Desa Tanjungmeru
Kecamatan Ambal
- Desa Kembangsawit,
- Desa Lajer,
- Desa Dukuhrejosari,
- Desa Pagedangan,
- Desa Kradenan,
- Desa Ambarwinangun,
- Desa Sidorejo
Kecamatan Mirit
- Desa Winong,
- Desa Ngabean
Kecamatan Bonorowo
- Desa Bonjoklor,
- Desa Bonjokkidul,
- Desa Mrentul
Bagi masyarakat yang ingin melihat peta rute jalan Tol Jogja - Cilacap ini bisa mengakses link berikut ini.