Sedangkan yang dimaksud dengan pelanggaran HAM berat sendiri diketahui dari berbagai sumber yaitu adalah pelanggaran hak-hak yang dimiliki bahkan hingga mengancam ataupun menghilangkan nyawa.
Lebih lanjut, berikut merupakan beberapa kasus pelanggaran HAM yang pernah terjadi di Indonesia dalam sejarah baik yang telah terselesaikan maupun yang masih menjadi pertanyaan hingga kini menurut amnesty.id:
1. Peristiwa 1965 hingga 1966
2. Penembakan Misterius atau Petrus pada 1982 hingga 1985
3. Peristiwa Talangsari 1989
4. Peristiwa Geudong dan Pos Sattis Lain di Aceh 1989 - 1998
5. Pengilangan Orang secara Paksa 1997 - 1998
6. Kerusuhan Mei 1998
7. Peristiwa Trisakti, Semanggi I, Semanggi II 1998 dan 1999