Kabupaten Sleman, Kabupaten Klaten, dan Kabupaten Boyolali akan menjadi beberapa wilayah yang dilewati Tol Jogja - Solo.
Ada enam kecamatan yang rencananya akan dilewati Tol Jogja - Solo di Kabupaten Sleman dan 11 kecamatan di Klaten.
Sementara di Boyolali terdapat tiga kecamatan dan sembilan desa yang akan terdampak pembebasan lahan.
Berikut rincian desa yang terdampak Tol Jogja - Solo:
Sleman
Kecamatan Prambanan : Desa Bokoharjo
Kecamatan Kalasan
- Desa Tamanmartani
- Desa Selomartani
- Desa Tirtomartani
- Desa Purwomartani
Kecamatan Depok
- Desa Maguwoharjo
- Desa Condongcatur
- Desa Caturtunggal.
Kecamatan Ngaglik : Desa Sariharjo
Kecamatan Mlati