Berdasarkan barang bukti yang ada dan fakta lainnya, Polisi menetapkan Muchdi Purwopranjono, Pollycarpus Budihari Priyanto dan Indra Setiawan sebagai tersangka.
Namun di persidangan pada 31 Desember 2008, Muchdi Purwopranjono mendapat vonis bebas, di mana sebelumnya dirinya didakwa dengan 15 tahun penjara.
"Menyatakan bahwa terdakwa tidak terbukti secara hukum dan meyakinkan telah merencanakan pembunuhan Munir, menurut dakwaan jaksa," kata Ketua Majelis Hakim Soeharto.
Sementara itu Pollycarpus Budihari Priyanto selaku eksekutor dijatuhkan vonis 14 tahun penjara, akan tetapi dirinya juga telah bebas pada 28 September 2014 lalu.
Sementara Indra Setiawan, mantan Direktur Utama PT Garuda Indonesia hanya dijatuhi hukuman satu tahun penjara atas pemalsuan surat
Pada unggahan milik Bjorka, hacker tersebut diketahui juga menyeret nama A.M Hendropriyono yang saat itu Ketua BIN dan Presiden RI saat itu, Megawati.
"Jangan lupa bahwa A.M Hendropriyono menjabat sebagai ketua BIN, dan Megawati menjabat sebagai Presiden. Jadi tidak mungkin seorang wakil bisa bertindak sendiri."
Atas temuan kasus Munir Said Thalib ini, Bjorka menuntut Presiden Jokowi untuk menyelesaikan dan mengungkap kasus pembunuhan Munir.