Pada tol ini juga akan ada empat jembatan layang yang dibangun tepatnya di Sleman takni di Desa Margomulyo, Margokaton, dan Margodadi di Kecamatan Seyegan; serta satu di Desa Banyurejo di Kecamatan Tempel.
Exit Tol Jogja Bawen
Exit tol Jogja - Bawen rencananya akan dibangun di beberapa titik, yaitu:
1. Palbapang, Mungkid, Magelang
2. Tirtioadi dan Tempel, Sleman
3. Pringsurat, Temanggung
4. Kelurahan Panjang, Ambarawa