Selain itu ponpes yang sedang viral ini juga memiliki 9 ciri khas yang membedakan Al Zaytun dengan pesantrean lain yang banyak berdiri di Indonesia.
Berikut ciri khas yang juga diajarkan dalam pendidikan ponpes Al Zaytun Indramayu:
- Menggunakan sistem pendidikan terpadu
- Pesantren spirit but modern system
- Dalam pondok pensantren tersebut tersedia area pendidikan yang luas dan diklaim kondusif
- Basthotan fi al-imi wa al-jismi
- Dalam proses belajar mengajar menggunakan berbagai bahasa atau international language