Pelaksanaan Puasa Qadha dapat dilaksanakan kapan saja di luar bulan Ramadan, dan dapat berbarengan dengan ibadah puasa sunnah lainnya seperti puasa Senin Kamis.
Dalam pelaksanaannya, tidak ada perbedaan mendasar mengenai puasa Qadha dengan puasa lainnya selain dalam bacaan doa atau niat.
Puasa Qadha untuk membayar hutang puasa mempunyai bacaan niat tersendiri, berikut merupakan bacaan niat puasa Qadha Ramadhan:
نَوَيْتُ صَوْمَ غَدٍ عَنْ قَضَاءِ فَرْضِ شَهْرِ رَمَضَانَ لِلهِ تَعَالَى
Latin: Nawaitu shauma ghadin ‘an qadha'I fardhi syahri Ramadhāna lillahi ta‘ala.
Artinya: "Saya berniat untuk mengqadha Puasa Bulan Ramadhan esok hari karena Allah SWT."
Untuk melakukan bacaan niat puasa Qadha Ramadhan tersebut maka dapat dilaksanakan pada malam hari sebelum makan sahur atau dalam jangka waktu dini hari hingga sebelum matahari terbit.