Memasuki babak kedua, pemain yang baru masuk, Jonathan Cantillana membuat kejutan.
Pada menit ke-53, Jonathan berhasil membuka keunggulan dengan mencetak gol ke gawang Madura United. Skor pun berubah 0-1 untuk keunggulan PSIS.
Tak berhenti di sana, anak-anak Laskar Mahesa Jenar kembali memberikan kejutan di akhir babak kedua.
Pada menit ke-72, Fredyan Wahyu mampu memperbesar keunggulan PSIS atas Madura United menjadi 0-2.
Sebelumnya, sekitar 10 menit sebelum gol kedua PSIS terjadi, pemain Madura United, Guntur Ariyadi, menerima kartu merah.
Unggul jumlah pemain membuat PSIS menjadi-jadi. Madura United yang awalnya menerapkan strategi menyerang, tiba-tiba menjadi bertahan total.
Tidak puas dengan skor 0-2, PSIS semakin memperlebar jarak dengan gol tambahan. Umpan terobosan yang cantik berhasil dimanfaatkan Ridho Syuhada Putra pada menit ke-83. Skor 0-3 pun terpampang untuk keunggulan PSIS.
PSIS hampir membantai Madura United pada menit-menit akhir. Sayang, aksi Taisei Marukawa yang menusuk ke kotak penalti berhasil dihentikan kiper Madura United.