Sampdoria
Pada Januari 2012, Mustafi pindah ke klub Serie B Italia Sampdoria, dengan status bebas transfer. Mustafi dibebaskan oleh Everton setelah dia meminta manajer David Moyes untuk mengizinkannya pindah.
Valencia
Pada 7 Agustus 2014, Mustafi menandatangani kontrak lima tahun dengan La Liga Valencia CF, dengan biaya yang dirahasiakan. Namun, menurut kabar yang berembus biayanya adalah €8 juta.
Ia memulai debutnya untuk tim barunya pada 25 September, melawan Córdoba
Arsenal
Pada tanggal 30 Agustus 2016, Mustafi bergabung dengan klub Inggris Arsenal dengan biaya yang juga dirahasiakan. Namun, berdasarkan sebuah laporan biaya yang dimaksud £35 juta lebih.
Mustafi melakukan debutnya dalam kemenangan 2-1 Liga Premier Arsenal atas Southampton di Stadion Emirates pada 10 September.
Schalke 04