- Desa Kertosono
- Desa Seborokrapyak
- Desa Kliwonan
- Desa Tegal Kuning
- Desa Triwarno
- Desa Banjangrejo
- Desa Bencorejo
Kecamatan Purwodadi
- Desa Sendangsari
- Desa Kesugihan
- Desa Purwosari
- Desa Pundensari
- Desa Jenar Lor
- Desa Jenar Kidul
- Desa Jenar Wetan
- Desa Watukuro
- Desa Sumber Sari
- Desa Kentengrejo
- Desa Bongkot
- Desa Sukomanah
- Desa Nampu
- Desa Gesing
- Desa Keponggok
- Desa Jogoresan
- Desa Jogoboyo
- Desa Kebonsari
- Desa Banjarsari
- Desa Karangsar
Kecamatan Ngombol
- Desa Walikoro
- Desa Pulutan
- Desa Kedondong
- Desa Kuwukan
- Desa Wonosri
- Desa Kalitanjung
- Desa Jeruken
Baca Juga: Pembebasan Lahan Tol Cilacap - Jogja di Purworejo Sudah Sampai Mana? Ini Daftar Desa yang Dilewati
Berikut daftar desa di Kebumen yang dilewati jalan Tol Jogja - Cilacap:
Kecamatan Rowokele
- Desa Rowokele
- Desa Bumiagung
Kecamatan Buayan
- Desa Tugu
- Desa Jogomulyo,
- Desa Nogoraji,
- Desa Banyumudal,
- Desa Mergosono
Kecamatan Kuwarasan
- Desa Wonoyoso,
- Desa Kuwaru,
- Desa Bendungan,
- Desa Serut,
- Desa Jatimulya
Kecamatan Adimulyo
- Desa Sidomukti,
- Desa Pekuwon,
- Desa Meles,
- Desa Banyurata
Kecamatan Karanganyar
- Desa Sidomulyo,
- Desa Grenggeng,
- Desa Panjatan
Kecamatan Sruweng