Seksi 1: Yogyakarta - Bawen
Seksi 2: Banyurejo - Borobudur
Seksi 3: Borobudur - Magelang
Seksi 4: Magelang - Temanggung
Seksi 5: Temanggung - Ambarawa
Seksi 6: Ambarawa - Bawen
Nantinya seksi 6 akan terkoneksi langsung dengan jalan Tol Semarang - Solo.
Baca Juga: Kapan Tol Jogja-Bawen Selesai? Info Pembebasan Lahan Sampai Mana dan Pembayaran UGR
Hadirnya Tol Jogja - Bawen akan memangkas waktu tempuh dari Semarang menuju Yogyakarta yang awalnya mencapai 3 jam menjadi 1,5 jam saja.