Kategori: Universitas Negeri
5. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY)
Peringkat nasional: 28
Kategori: Universitas Swasta
6. Universitas Ahmad Dahlan (UAD)
Peringkat nasional: 41
Kategori: Universitas Swasta
7. Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY)
Peringkat nasional: 45
Kategori: Universitas Swasta
8. Universitas Sanata Dharma (USD)
Peringkat nasional: 53
Kategori: Universitas Swasta