Dalam Ejen Ali The Movie, Walikota Cyberaya bernama Datok Ottoman berada dalam ancaman bahaya setelah pesawat yang digunakannya dibajak oleh sekelompok penjahat.
Skuad Ali, Bakar, dan Alicia kemudian ditugaskan untuk bertindak cepat guna menyelamatkan sang walikota sekaligus menangkap penjahat yang ada.
Setelah berhasil menyelamatkan Datok Ottoman dari pesawat yang meledak, Ali mengetahui kalau para penjahat menggunakan teknologi terbaru dari Cyberaya bernama IRIS Neo.
Mengetahui hal tersebut, Ali terpukul karena menurutnya dia tidak lagi dibutuhkan sebagai mata-mata rahasia karena keberadaan IRIS Neo tersebut.
Saat tengah menjalankan tugas terakhirnya, Ali menyadari kalau Datok Ottoman berperan dalam pengembangan IRIS Neo dan kemungkinan memiliki hubungan dengan penjahat yang menyerang sebelumnya.