Berikut daftar desa yang dilewati konstruksi jalan Tol Jogja - Bawen di Magelang, Ambarawa, dan Temanggung:
1. Kabupaten Magelang
Kecamatan Muntilan
Desa Tamanagung
Desa Keji
Desa Ngawen
Desa Congkrang
Desa Sriwedari
Kecamatan Ngluwar
Desa Plosogede
Desa Blongkeng
Desa Ngluwar
Desa Jamuskauman
Desa Karangtahun
Desa Pakunden
Desa Bligo
Kecamatan Candimulyo
Desa Mejing
Desa Sidomulyo
Desa Tempak
Desa Podosoko
Desa Tampir Kulon
Kecamatan Mungkid
Desa Senden
Desa Mungkid
Desa Pagersari
Desa Bojong
Desa Pabelan