Nantinya jalan Tol Jogja - Cilacap ini akan memiliki sebanyak 8 simpang susun yaitu sebagai berikut.
- Junction Cilacap
- Interchange Maos
- Interchange Soempioeh
- Interchange Gombong
- Interchange Kebumen
- Interchange Kutoarjo
- Interchange Purworejo
- On/Off Kulon Progo
Baca Juga: Rute Peta Jalan Tol Demak - Tuban di Pati, Kudus hingga Rembang, Berapa Harga Tanah per Meter?
Desa Terdampak di Banyumas
Kecamatan Kemranjen
Desa Sibalung
Desa Kecila
Desa Nusamangir
Desa Sidamulya
Desa Sirau
Desa Sibrama
Desa Grujugan
Desa Kebarongan
Kecamatan Tambak
Desa Gumelar Kidul
Desa Karangpetir
Desa Karangpucung
Desa Plangkapan
Desa Prembun
Desa Gebangsari