- Sekolah Vokasi
- Sekolah Pascasarjana
2. Universitas Negeri Yogyakarta (UNY)
Universitas Negeri Yogyakarta merupakan pengembangan dari IKIP Yogyakarta yang awalnya lahir sebagai fakultas di Universitas Gadjah Mada, berdasarkan PP 37/1950, pada 23 Januari 1951. Beberapa fakultas yang ada di UNY yaitu FMIPA, Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Bahasa dan Seni, dan Fakultas Ilmu Sosial (FIS).
3. Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta (UIN SUKA)
Universitas Islam Negeri (UIN) adalah bentuk perguruan tinggi Islam negeri di Indonesia yang menyelenggarakan pendidikan akademik pada sejumlah disiplin ilmu pengetahuan, termasuk ilmu pengetahuan di luar studi keislaman, berlokasi di Jl. Marsda Adisucipto, Yogyakarta, Indonesia 55281.
UIN Sunan Kalijaga merupakan lembaga pendidikan tinggi Islam tertua di tanah air. Pada tanggal 14 Oktober 2004, terjadi transformasi perkembangan kelembagaan, yaitu transformasi Institut Agama ISlam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga.
Beberapa fakultas yang ada UIN Sunan Kalijaga yaitu Fakultas Adab dan Ilmu Budaya, fakultas Dakwah dan Komunikasi, Fakultas Syariah dan Hukum, dan Fakultas Sains dan Teknologi.