Proses pembebasan lahan ini akan berlangsung mulai tahun 2023 hingga tahun 2024 mendatang.
Rencana rute jalan Tol Jogja - Cilacap ini akan dimulai dari titik akhir jalan Tol Gedebage - Tasikmalaya - Cilacap.
Selanjutnya jalan tol nantinya akan melewati daerah Maos, Soempioeh, Gombong, Kebumen, Kutoarjo dan Purworejo.
Kemudian untuk bagian akhir akan berada di on/off Kulonprogo dan tersambung dengan jalan Tol Solo - Jogja - Bandara YIA. Rencananya jalan tol Jogja - Cilacap ini akan memiliki dua junction dan empat interchange.