Di mana, klaim Saifuddin mengklaim lainnya, jika pesantren bisa melahirkan kaum radikal dari pengalamannya sebagai ustad di pesantren.
Menurut Saifuddin Ibrahim, sebelum berpindah agama, ia pernah menjadi ustad di salah satu pondok pesantren.
Saifuddin Ibrahim usai lulus kuliah sempat mengajar di Pesantren Darul Arqom, Sawangan, Depok, Jawa Barat. Serta mengajar di Ponpes Al-Zaytun yang bertempat di Haurgeulis Indramayu di bawah asuhan Syaikh AS Panji Gumilang (1999).
Ia sempat menempuh pendidikan di Universitas Muhammadiyah Surakarta, jurusan Perbandingan Agama, Fakultas Ushuluddin.
Diketahui dari jejak digital, nama Saifuddin Ibrahim sempat dilaporkan ke kepolisan hingga ke tingkat pengadilan karena kasus ujaran kebencian pada 2017 dan 2018.
Usai hebohnya ucapan Saifuddin Ibrahim soal saran penghapusan 300 ayat Al Quran, Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum dan Keamanan (Menkopolhukam) Mahfud MD meminta Polri menyelidiki pendeta tersebut.
Mahfud MD menilai pernyataan pendeta tersebut bisa memecah belah umat dan kerukunan agama di Indonesia.
Selain ujaran kebencian, Mahfud MD bahkan menyebut video dari Saifuddin Ibrahim sebagai penistaan agama.