Sebelum itu, ia juga pernah menyalonkan diri sebagai Calon Gubernur Papua pada 2018 lalu melawan petahana Lukas Enembe namun kalah suara.
John Wempi Wetipo sebelumnya bertugas sebagai Bupati Jayawijaya dua periode yakni 2008-2013 dan 2013–2018.
Ia merupakan lulusan Universitas cendrawasih, Papua jurusan Hukum di program sarjana dan pascasarjana di sana.
Ia merupakan putra dari Habel Wetipo dan saudara dari Indra Lestari Sumbung, tokoh Papua.
Semasa kecil, John Wempi Wetipo bersekolah di SD YPPGI Hitigima, Wamena pada tahun 1985 kemudian melanjutkan ke SMP Negeri 2 Wamena pada tahun 1988.
Ia lantas diterima di SMA YPPK Taruna Dharma Jayapura pada tahun 1991 sebelum melanjutkan program sarjana dan masternya di Universitas Cenderawasih.