3. Seksi 3 SS Borobudur – SS Magelang sepanjang 8,08 km.
4. Seksi 4 SS Magelang – SS Temanggung sepanjang 16,26 km.
5. Seksi 5 SS Temanggung – SS Ambarawa sepanjang 22,56 km.
6. Seksi 6 SS Ambarawa – JC Bawen sepanjang 5,21 km.
Adapun exit tol Jogja Bawen rencananya akan dibangun di beberapa daerah seperti Sleman, Magelang, Temanggung dan Semarang.
Exit Tol Jogja Bawen di Sleman rencananya akan berada di Kelurahan Banyurejo yang juga sekaligus menjadi lokasi untuk rest area.
Jalan Tol Jogja Bawen juga akan memiliki exit tol yang berlokasi di Kabupaten Temanggung dan Kota Magelang.
Terakhir untuk exit tol di Semarang, nantinya akan berlokasi di Kelurahan Panjang, Kecamatan Ambarawa dan Kecamatan Bawen.
Baca Juga: Kapan Tol Jogja - Cilacap Dibangun? Ini Lebar Jalan dan Desa Terdampak