Untuk Sleman, lokasi exit Tol akan berada di Banyurejo yang juga memiliki rest area.
Sedangkan untuk Semarang sendiri, lokasi exit tol rencananya berada di Kelurahan Panjang, Kecamatan Ambarawa dan Kecamatan Bawen.
Sementara untuk di Magelang sendiri exit tol rencananya akan berada di Palbapang, Mungkid, Magelang.
Namun terbaru, Pemkab Magelang mengusulkan adanya pergeseran lokasi exit Tol Jogja - Bawen di Kabupaten Magelang.
Baca Juga: Daftar Desa Terdampak Tol Jogja - Bawen di Semarang, Pembebasan Lahan Apakah Sudah Selesai?
Usulan pergeseran ini dilakukan karena adanya kawasan situs cagar budaya yang jika akan dilakukan pembangunana perlu menunggu UNESCO.
Namun pergeseran yang diusulkan oleh Pemkab Magelang tersebut tetaplah berada di wilayah Kecamatan Mungkid hanya bergeser beberapa ratus meter saja.